Novel sistem memiliki daya tarik terbesar pada inti plot, yaitu: apa yang sistem minta protagonis lakukan, atau apa yang dilakukan protagonis melalui sistem. Asalkan settingan sudah dibuat, pembaca yang belum pernah membaca novel sistem pun akan tertarik pada inti plotnya.
Oleh karena itu, saat menulis novel sistem, hal terpenting yang harus dipertimbangkan adalah masalah ini.
Settingan plot dalam novel sistem umumnya dapat dibagi menjadi dua kategori:
1. Menggunakan sistem untuk menaklukkan hati protagonis pria dan memulai plot cerita romansa (hubungan asmara)
a. Protagonis bertransmigrasi menjadi karakter pendukung wanita yang kejam, dan sangat dibenci oleh protagonis pria, tetapi sistem malah memberi misi untuk menaklukkan hati protagonis pria. Protagonis wanita terpaksa mengubah karakternya yang jahat, dan menaklukkan hati protagonis pria.
b. Protagonis bertransmigrasi ke dalam dunia novel, dan sistem meminta protagonis memainkan peran karakter pendukung wanita yang kejam untuk menonjolkan sifat baiknya protagonis wanita dalam novel. Namun, karena kebaikan protagonis, setiap kali ia hanya melakukan hal-hal buruk pada poin plot yang diminta oleh sistem, dan setelahnya ia selalu merasa menyesal karena sudah berbuat kejahatan. Namun, tindakan-tindakan jahat itu justru membuat protagonis pria menyadari kebaikan protagonis wanita, dan justru membuatnya jatuh cinta pada karakter pendukung jahat yang diperankan oleh protagonis wanita.
c. Protagonis bertransmigrasi menjadi mantan pacar protagonis pria yang tak terlupakan di dalam novel. Misi sistem adalah membiarkan protagonis wanita menaklukkan hati protagonis pria, dan meninggalkan protagonis pria setelah protagonis pria sepenuhnya jatuh hati padanya. Namun, setelah berhasil menaklukkan hati protagonis pria dan ingin pergi, protagonis pria malah berubah menjadi jahat dan memaksa protagonis wanita untuk tetap berada di sisinya.
d. Protagonis bertransmigrasi ke dunia novel, dan menjadi protagonis wanita yang dikurung oleh protagonis pria (yandere) yang cenderung posesif. Setiap kali menyelesaikan misi sistem, protagonis wanita akan mendapatkan waktu untuk melarikan diri yang dapat diakumulasi. Untuk menambah konflik dalam cerita, dan membuat misi akhir protagonis wanita menjadi lebih sulit (sehingga ada bahan yang bisa ditulis), misi sistem akan semakin memperkuat sifat posesif protagonis pria, seperti meminta protagonis wanita mendekati pria lain di depan protagonis pria, atau menolak tawaran protagonis pria ....
...
Settingan semacam ini juga sangat bersahabat terhadap penulis yang belum pernah menulis novel sistem!
Sistem umumnya berperan sebagai motif untuk protagonis wanita bertindak. Lagi pula, tidak ada protagonis yang secara subyektif akan menaklukkan hati protagonis pria setelah bertransmigrasi, atau berperan sebagai karakter pendukung wanita yang kejam, atau tidak melarikan diri secara tidak bertanggung jawab setelah menaklukkan hati protagonis pria!
2. Meningkatkan kemampuan atau mendapatkan sesuatu melalui sistem (plot)
a. Sistem mengharuskan protagonis bekerja keras untuk menulis novel dan menjadi penulis novel terkenal. Setiap kali protagonis menyelesaikan misi menulis, berbagai nilai kemampuan penulis akan bertambah, seperti kecepatan menulis, nilai stamina, kecepatan mendapatkan inspirasi, atau bahkan mendapatkan uang secara tiba-tiba. Jika tidak menyelesaikan misi, protagonis akan diberi hukuman dengan suara-suara pembaca dan editor yang mendesak untuk update kelanjutan cerita, yang diputar secara berulang kali setiap malam saat tidur, dengan suara yang mencapai 130 desibel.
b. Protagonis awalnya adalah seorang polisi biasa, setelah terhubung dengan sistem, misinya adalah mengurangi tingkat kejahatan di kota, dan kemampuan yang diberikan kepada protagonis adalah bisa mengenali siapa yang berpotensi sebagai penjahat. Akhirnya protagonis berubah dari seorang polisi biasa menjadi seorang polisi legendaris yang hebat dalam hal menangkap penjahat, dan semua orang sangat mengagumi protagonis wanita. Tingkat kejahatan di kota pun menurun.
c. Protagonis meninggal karena sakit, lalu ia terikat dengan sistem, dan sistem meminta protagonis melakukan perbuatan baik untuk memperpanjang umurnya. Sistem berjanji untuk memberi protagonis sebuah kemampuan/keterampilan untuk melakukan misi. Protagonis memilih mendapatkan kemampuan untuk menghasilkan uang yang tak terbatas, lagipula uang adalah segalanya. Akhirnya, protagonis menggunakan kemampuan tersebut untuk menyelamatkan banyak orang dan memperoleh umur panjang untuk dirinya sendiri.
d. Protagonis adalah seseorang yang sangat sial dalam hidupnya. Bahkan di akhir hidupnya, dia mati karena pot yang terjatuh dari atas, kemudian ia terikat dengan sistem keberuntungan. Protagonis perlu mempelajari berbagai keterampilan untuk meningkatkan keterampilannya, seperti merias wajah, pekerjaan rumah tangga dan lainnya. Semakin banyak misi yang diselesaikan, semakin tinggi nilai keberuntungannya. Hal ini membuat protagonis wanita semakin beruntung, seperti memenangkan lotere, selalu mendapatkan tempat duduk di bus, dan mendapatkan tempat parkiran saat memarkir mobil.