โลกถูกคุกคามด้วยสิ่งมีชีวิตมีพลังที่ทำลายดวงจันทร์ได้ 70% ทำให้ดวงจันทร์มีรูปร่างเสี้ยวตลอดไป สิ่งมีชีวิตนั้นได้อ้างว่าภายใน 1 ปี โลกก็จะถูกทำลายโดยเขา แต่เขาให้โอกาสมนุษย์หลีกเลี่ยงชะตากรรมนี้ ในโรงเรียนม.ต้นคุนุกิงาโอกะ เขาได้เริ่มทำงานเป็นครูประจำชั้น ม.3 ห้อง E ที่สอนนักเรียนไม่เพียงแค่วิชาทั่วไป แต่วิธีการลอบสังหารด้วย รัฐบาลญี่ปุ่นได้มีรางวัลเป็นเงิน 1 หมึ่นล้านเยน (3 พันล้านบาทโดยประมาณ) ให้สำหรับนักเรียนผู้ที่สามารถฆ่าอาจารย์ได้ โดยพวกเขาได้ตั้งชี่ออาจารย์ว่า “อาจารย์โคโระ” แต่ทว่าการฆ่าอาจารย์เป็นเรื่องที่แทบจะเป็นไปไม่ได้ เพราะเขามีพลังพิเศษมากมายไม่ว่าจะเป็นการเคลี่อนไหวด้วยความเร็ว 20 มัค แต่เขาก็เป็นครูที่ดีที่สุดที่พวกเขาเคยมี

เรื่องราวเริ่มต้นจากเหตุการณ์ระเบิดของดวงจันทร์กว่า 70% โดยฝีมือของสิ่งมีชีวิตหน้าตาประหลาดคล้ายปลาหมึกสีเหลือง ซึ่งสามารถเคลื่อนที่ได้เร็ว 20 มัค หรือเท่ากับความเร็วเสียง จึงทำให้ไม่ว่ากองทัพจะจัดยุทโธปกรณ์หนักขนาดไหนก็ไม่มีใครสามารถจัดการได้ ร้ายไปกว่านั้นคือ เป้าหมายต่อไปของมัน ก็คือ การทำลายล้างโลกใบนี้ รัฐบาลจึงตั้งค่าหัวเป็นเงินรางวัล 10,000 ล้านเยน สำหรับใครก็ตามที่กำจัดเจ้านี่ได้

จนเมื่อสิ่งมีชีวิตประหลาดนี้ได้ยื่นข้อเสนอสุดประหลาดสมหน้าตากับการให้ตนเองเข้าไปทำหน้าที่ครูประจำชั้น เพื่อสอนหนังสือให้กับนักเรียนห้อง 3-E (End) ในโรงเรียนมัธยมต้นคุนุกิงาโอกะ พร้อมกับเปิดโอกาสให้นักเรียนลอบฆ่าได้ตามสบายก่อนสำเร็จการศึกษา โดยเขารับรองความปลอดภัยว่าจะไม่ทำอันตรายใดๆ ต่อเด็กนักเรียน แต่หากยังไม่มีใครสามารถกำจัดเขาได้สำเร็จ เขาก็จะเป็นคนกำจัดโลกใบนี้ในวันข้างหน้าแน่นอน

ถึงแม้จะไม่มีใครรู้ว่าเป้าหมายที่แท้จริงกับข้อเสนอประหลาดของสิ่งมีชีวิตหน้าปลาหมึกนี้คืออะไร แต่นี่ก็เป็นจุดเริ่มต้นของชั้นเรียนลอบสังหาร เพื่อการกอบกู้โลก และเพื่อเงินรางวัล 10,000 ล้านเยน ของนักเรียนทั้ง 26 คน พร้อมอาวุธครบมือ ซึ่งอาวุธดังกล่าวทั้งหมดถูกจัดทำขึ้นพิเศษ ผลิตมาจากยาง จึงไม่เป็นอันตรายใดๆ ต่อมนุษย์

อาจารย์หน้าตาประหลาดได้รับการตั้งชื่อจากบรรดานักเรียนห้อง 3-E ว่า โคโระ ซึ่งหมายถึง “ฆ่าไม่ตาย” และถึงแม้โคโระจะเป็นอาจารย์หน้าตาประหลาดที่มีความร้ายกาจและความยียวนแค่ไหน แต่สำหรับการปฏิบัติตัวต่อนักเรียนในฐานะอาจารย์แล้ว เขากลับถูกมองว่าเป็นอาจารย์ที่ปัญญาอ่อนที่สุดในสายตานักเรียน แต่ถึงอย่างไรเขาก็ทุ่มเทให้กับนักเรียนด้วยความจริงใจและเอาใจใส่เสมอ จนทำให้ค่อยๆ ได้ใจนักเรียนไปทีละคน อีกทั้งยังแสดงความรู้สึกยินดีและสนับสนุนให้นักเรียนลอบฆ่าตัวเองให้สำเร็จเสมอ ซึ่งเขาเชื่อว่า การถูกลอบฆ่านั่น เป็นการแสดงให้เห็นว่าตัวเองเป็นที่สนใจ

เรื่องราวจะดำเนินไปต่ออย่างไร? เมื่อ ทาดาโอมิ คาราสึมะ  เจ้าหน้าที่จากกระทรวงกลาโหม เข้ามาประจำยังห้องเรียนแห่งนี้ในฐานะครูพละคนใหม่ พร้อมกับการกลับมาของนักเรียนสุดอัจริยะหลังจากถูกพักการเรียน ที่มาพร้อมกับแววตาฆาตรกรสุดกระหาย